Сначала порассуждаем, зачем вообще нужен флот. Вижу следующие цели:
1 - перевозка боевых отрядов, десант, срыв вражеских высадок;
2 - контроль за морскими ресурсами;
3 - контроль за морскими перевозками грузов;
4 - удары по берегу, поддержка сухопутных сил.
С точки зрения войны, у нас в полной мере представлена только первая цель. Четвертая – в незначительной мере, и может быть так оно и к лучшему.
Контроль морских ресурсов не имеет стратегического значения – кракены ловят те, кто до них дотянется. Во время войны не до кракенов и их не ловят, умудряются воевать и без щупалец. Так даже к лучшему. Даже в реальности нету стратегически значимых ресурсов в море. Ну, разбомбят пару нефтяных платформу – перейдут на другие источники топлива. Если введем жемчуг или другой ресурс, кардинально меняющий силу кланов и доступный только в море – станет лишь хуже, на мой взгляд. А может, у меня кривой взгляд, кто знает?
Контроль за морскими перевозками – не играет особой роли в мирное время, но в войну становится критически важным. У нас же почти все перевозки идут через караваны. Осажденный город до бесконечности может получать подкрепления и ресурсы. С другой стороны, город на другом материке может стать отличной базой для вторжения, если озаботиться своевременной отправкой войск.
Предлагаю поменять систему. Сделать контроль за морским грузооборотом важнее, чем сейчас. Конкретные предложения ниже.

Общая идея – затруднить, а для некоторых видов ресурсов вообще запретить, обмен ресурсами через рынок.

Мягкое предложение для ленивых программистов.
- уменьшить вместимость лавок
- уменьшить скорость доставки товаров
- запретить перевозку войск караванами через море
Уже это оживит морские перевозки, хотя незначительно. Ключевым считаю запрет на перемещение войск в караванах, особенно по морю.

Полное предложение, сложное в реализации (а будто с жемчугом или новыми кораблями будет проще).
1. Вместимость лавки считается в «геройских». То есть, если она достигла уровня 3 геройских вместимостей, значит в нее можно положить 75 камня, 60 металла, 125х3 дерева.
Да, вместимость домовых надо уменьшить. Камня и металла - увеличить раза в два. Или дерева уменьшить.
Штучные товары, как прежде, занимают одну ячейку.
Уровни оставить, как есть сейчас. То есть 3 геройских вместимостей лавка достигнет только на 12 уровне.
Войска считаются когортами. 1 геройская вместимость – 1 когорта.
Ограничения касаются и ПРОшников, то есть вместимость их караванов, отправляемых из города в город, будет зависеть от уровня лавки.

2. Лавка на полную мощность может продавать товары только в пределах континента/острова. Если нужно продать что-то за море – есть возможность сделать это с помощью магии по воздуху. В таком режиме лавка вмещает 1/8 от максимума с округлением в меньшую сторону. То есть, когда лавка достигнет 8 геройских вместимостей (вариант – 4, если 8 слишком много), она сможет отправлять «по воздуху» 1 геройскую вместимость. Тогда же появится и возможность продавать штучные товары «по воздуху».

3. Сильно упрощает торговлю и логистику торговый порт. Его можно возвести только в прибрежном метрополе. Порт развивается, как лавка, и точно также имеет вместимость. Только вместимость его в несколько раз больше, ну или развитие его дешевле.
Порт может торговать только с другими портами. ПРОшники могут отправлять конвои из своих портов в чужие/свои порты.
Грабеж идет только в момент отправки/прибытия конвоя. Будем реалистами, средства обнаружения у нас не шибко продвинуты, если кораблик уплыл из порта, то его не поймать. Потому перехватывать конвои можно только возле портов. Опять же, нагрузка на проц – не последний фактор, жестко приземляющий мою фантазию.
Итак, в момент отправки/прибытия каравана проверяется, сколько вражьих кораблей находятся в режиме рейдерства рядом с портом (допустим, в радиусе 4-5 клеток).
Пример. Всего имеется 121 клетка (я взял радиус 5 клеток), вместе с самим городом. Из них пускай будет 21 клетка суши. Итого, площадь охоты – 100 клеток. Как только отправится новый караван, будет просчитано, сколько из этих клеток контролируются рейдерами. Пускай собрали огромный флот и контролируют 73 клетки из 100. Значит, 73% всех ресурсов конвоя будет потеряно - половина утонет, половина осядет в трюмах пиратов. Штучные товары также будут потеряны в 73% случаев. К месту назначения уйдет всего 27% груза, который может быть еще ограблен в момент прибытия.
Представьте только. На форуме продается полный комплект четверок. Известно, что товар поедет по морю. Известен порт отправки и пункт назначения...
Нагрузка на проц – просчет каперов в момент прибытия, отправки каравана.

Итог. Сложнее становится логистика. Вместо рынков проще использовать конвои. Надежнее – грузовые корабли. Еще надежнее – боевые корабли у портов противника. Появляется стимул контролировать все море, не допускать подвоза подкреплений, рейдерствовать, блокировать вражеские порты. В полумирное время (см. противный Креспу договор о ЗЗ) – рейдерствовать, бить по экономике. Опять же, свои торговые маршруты надо. Ибо даже союзники под религией диверсии могут позарится на ваши богатства… Вот вам и война на море, и патрулирование.