Юниты.
Для полноценных морских сражений одних только галов и субмарин имхо не достаточно. Не надо только говорить про когг - это ослабленнная версия галеона без каких либо преимуществ, не более.
1) Тяжелый боевой корабль. 1 юнит вместимость. Среднее кол-во ходов. Максимальные среди кораблей атака\защита\хп. Радиус атаки 2.
Основная ударная сила. Для транспортировки войск мало пригоден из за малой вместимости.
2) Лёгкий боевой корабль. 0 юнитов вместимость. Большое кол-во ходов. Характеристики средние. Радиус атаки 3.
Разведка боем, броски на позиции врага за счёт увеличенного радиуса стрельбы и кол-ва ходов.
3) Грузовой корабль. 3 юнита вместимость. Кол-во ходов ниже среднего. Характеристики средние. Радиус атаки 2.
Транспортник. Из за меньшего кол-ва ходов и худших характеристик относительно боевых кораблей нуждается в эскорте в опасных регионах.
4) Лёгкий транспортный корабль. Вместимость 3 юнита. Кол-во ходов выше среднего. Низкие характеристики. Радиус атаки 2. Загрузка\разрузка только в своих портах.
Основное предназначение захват кораблей(см. ниже), для которого подходит лучше чем грузовой корабль из за малого кол-ва ходов.
5) Субмарина. 0 юнитов вместимости. Среднее кол-во ходов. Характеристики низкие, атаковать не может(Сомневаюсь что в подводной лодке Леонардо да Винчи были предусмотренны торпеды).
Применение то же что и сейчас - шпионаж.

Взаимодейсвие с наземными юнитами.
Юниты посаженные в корабль получают N% нанесённого ему урона. В свою очередь при атаке корабля они тоже наносят урон в размере N%. Урон дублируется, т.е. для того что бы потопить корабль ему нужно одно и тоже кол-во урона вне зависимсти от того сколько юнитов он везёт. Если корабль тонет пассажиры умирают. Ближники прибавляют к урону на расстоянии 1 клетки, дистанционные войска на расстоянии 2х. Точный процент нужно балансировать что бы транспортный корабль с 3 юнитами не был сильней тяжелого боевого корабль с 1 юнитом при прочих равных условиях.

Захват кораблей
Корабль с юнитами на борту способен захватить вражеский корабль при наличии кармы. Если кармы нет то корабль заместо смены владельца просто тонет. Для захвата нужно простоять рядом с кораблём сутки. В большинстве случаев для этого необходимо его изначально заблокировать, иначе он просто отплывёт. По прошествию суток происходит автоматический бой между экипажами кораблей. Бой происходит мгновенно по примерно такой схеме: юниты наносят друг друг по удару по очереди, кораблям урон не наносится, первый удар за зачинщиком абортажа, после смерти экипажа одного из кораблей он переходит во владение победителю. Если абордируемое судно без героев внутри, то захват происходит без какого либо сопротивления, но так же через сутки. Т.е. если атакующие слабы то можно не только не захватить врага, а еще и потерять свой корабль. Для кряколовных флотилий это не сильно помешает промыслу - для того что бы помешать захвату достаточно снести блокирующее судно и отплыть до того как пройдут сутки. Если учесть что захват будет в основном вестить транспортными суднами, а ловля крякенов боевыми то должно быть не сложно отбится от непревосходящего числом противника.

Прочее
Карма: Тут я вижу два варанта, либо уменьшить затраты кармы(10 кармы на один юнит слишком, ведь нужны будут не только галеоны для успешных сражений), либо вынести корабли в отдельный от техники тип кармы.
Религия: При наличии разнообразия в морских юнитах можно будет без особого ущерба для баланса ввести морскую религию - бои станут более тактичными, и то что у кого то галеоны более сильные, или даже появится новый юнит будет не так критично.